Солнце никогда не заходит над Токио, но для старшеклассницы Юки оно давно погасло. Её жизнь — это бесконечная серая лента: школа, дом, бессмысленные разговоры с одноклассниками, которые видят в ней лишь тихую отличницу. Она носит маску равнодушия, за которой прячет ледяную пустоту. Единственная отдушина — заброшенная обсерватория на крыше, где она наблюдает за городом, чувствуя себя призраком среди живых. Всё меняется, когда в класс приходит новенький — Рё, парень с пронзительным взглядом и странной привычкой рисовать чёрные круги на запястьях. Он не вписывается в систему, игнорирует учителей и однажды, глядя прямо на Юки, говорит: «Ты тоже слышишь этот звук? Звук ломающихся костей времени». С этого момента реальность начинает трескаться.
Рё утверждает, что мир — это симуляция, созданная для того, чтобы «выращивать» души, и что их класс — экспериментальная группа. Он показывает Юки «трещины» — места, где иллюзия истончается: застывшие в полёте птицы, люди, повторяющие одни и те же фразы, часы, идущие назад. Вместе они начинают вскрывать гнилую подкладку реальности, но каждый шаг приближает их к шокирующему открытию: их юность — это не просто время жизни, а ресурс. Каждая эмоция, каждая слеза, каждая вспышка гнева или влюблённости — это энергия, которую «система» перерабатывает в топливо для поддержания мира взрослых. Школьные драмы, буллинг, первая любовь, экзамены — всё это тщательно спланированные сценарии, призванные выжать из подростков максимум чувств. И чем сильнее боль, тем чище получаемое «топливо».
Юки и Рё решают сломать цикл, но для этого им нужно объединить весь класс, который погряз в своих мелких трагедиях. Популярная красавица Миюки, страдающая от анорексии, чтобы соответствовать стандартам; гений-программист Кэнта, который ненавидит всех за свою социальную неловкость; тихий отаку Хирото, живущий в мире аниме, потому что реальность слишком жестока — каждый из них оказывается пешкой в чужой игре. Когда Юки и Рё начинают показывать остальным «трещины», система даёт сбой. Учителя превращаются в безликих кукловодов, родители исчезают, а сам город начинает плавиться, обнажая под асфальтом шестерёнки и провода. Кульминация наступает на школьном фестивале, где «система» решает уничтожить бунтарей, запуская программу «Идеальная юность» — массовую галлюцинацию, в которой каждый получает свою мечту. Но цена этой мечты — полное растворение личности. Юки предстоит сделать выбор: остаться в сладком сне, где она наконец счастлива, или разбудить всех, обрекая на жизнь в мире, где юность — это просто расходный материал. Финал оставляет горькое послевкусие: даже разрушив симуляцию, герои понимают, что настоящая свобода — это не отсутствие боли, а право выбирать, как сильно тебе больно.