Прошло несколько месяцев после событий в Токио, где Ёсикаге и его команда ценой невероятных усилий предотвратили катастрофу. Город медленно залечивает раны, но иллюзии возвращения к нормальной жизни рушатся, когда в небе над разными точками планеты появляются загадочные спутники-близнецы «Мегатона». Они не атакуют, а лишь безмолвно парят, сея панику и парализуя мировые правительства своим необъяснимым присутствием. Внутри «Ковчега» царит напряжение: старые союзники из Global Earth теперь видят в команде Ёсикаге угрозу, а не спасение, обвиняя их в привлечении внимания новой, еще более грозной силы. Сам Ёсикаге, разрываясь между долгом и желанием защитить своих, обнаруживает, что его связь с ядром Мегатона стала глубже и опаснее, открывая доступ к пугающим воспоминаниям самого артефакта.
Пока земные державы готовятся к отчаянной превентивной атаке, истинная угроза раскрывается изнутри. Спутники-близнецы — не враги, а ключи, пробуждающие древние механизмы, разбросанные по всей Земле. Команда «Ковчега», оказавшись меж двух огней, вынуждена действовать в одиночку, чтобы расшифровать тайное послание, оставленное погибшей цивилизацией. Им предстоит опасное путешествие к заброшенным руинам в глубинах океана и на вершинах гор, где каждый шаг приближает их к страшной истине: оригинальный Мегатон был не оружием, а тюрьмой. И теперь, когда его стражи активированы, пробуждение того, что сковано в ядре планеты, становится лишь вопросом времени. Ёсикаге придется сделать невозможный выбор — принять силу, что медленно поглощает его человечность, чтобы стать новым стражем, или уничтожить ее, рискуя освободить апокалипсис.
