Тридцать лет прошло с тех пор, как Токий-3 превратился в арену вечной битвы, а судьбы пилотов Евангелионов были переплетены с нитями Секретного проекта «Инструментальность». В новом специальном показе, приуроченном к юбилею, реальность дает трещину. Синдзи Икари, так и не сумевший до конца примириться с самим собой, просыпается не в своей постели, а в пустом, бесконечно повторяющемся зале кинотеатра. На экране — не просто хроника сражений с Ангелами, а искаженные, сюрреалистичные версии ключевых событий прошлого. Каждая сцена — это не воспоминание, а альтернативная развилка, где Рей Аянами улыбается, Аска Лэнгли не скрывает страха, а Гендо Икари впервые смотрит на сына без маски. Синдзи понимает, что это не просто показ — это ловушка, созданная остаточным сознанием SEELE, пытающимся переписать финал, заставив пилота выбрать «идеальную» версию истории, где нет боли, но нет и выбора.
Второй акт разворачивается, когда к Синдзи в темноте зала присоединяются Каору Нагиса и Мисато Кацураги, но в странных, неканоничных обличьях. Каору — не как ангел или друг, а как призрачный киномеханик, который может перематывать плёнку, но не может изменить её суть. Мисато — не как командир, а как зрительница, которая помнит все концовки, но забыла, каково это — жить. Вместе они должны пройти через «петлю памяти»: от кровавой битвы с Сахакиэлем, где время застывает в момент удара, до бесконечного чаепития в квартире Мисато, где разговоры повторяются, как заезженная пластинка. Главное испытание ждет их в финале, когда экран раскалывается, и в проеме появляется Юи Икари — не как пилот, а как архитектор этого кинотеатра. Она предлагает Синдзи последний, настоящий выбор: либо навсегда остаться в этом идеальном, застывшем мире воспоминаний, где все живы и счастливы, либо разбить проектор, позволив реальности продолжиться со всей её болью, неопределенностью и надеждой. Синдзи, глядя на лица тех, кого он потерял и обрел, тянется не к пульту управления, а к старой, потертой кассете с записью «Токий-3, день первый», понимая, что истинное взросление — это не переписывание прошлого, а принятие его шрамов.