Третий сезон «Повести о конце света» начинается там, где закончился второй — на руинах Токио, которые уже не дымятся, а превратились в безмолвное кладбище из стекла и стали. Человечество проиграло. Семь ангелов, которых люди считали спасителями, сбросили маски и явили свою истинную сущность: они не судьи, а жнецы, собирающие урожай душ для неизвестного хозяина. Главный герой, Кай, очнувшись после клинической смерти, обнаруживает, что мир изменился необратимо. Время перестало быть линейным — в разных районах разрушенного города часы идут по-разному, а некоторые зоны застыли в вечном мгновении последней секунды перед взрывом. Кай больше не человек, но и не ангел. Его тело покрыто странной кристаллической структурой, которая позволяет ему видеть «эхо времени» — фантомные отпечатки прошлого, застывшие в воздухе. Вместе с горсткой выживших, среди которых бывший военный аналитик Хикари и загадочная девочка по имени Нуар, способная слышать мысли мертвых, он отправляется в центр разрушенного города, туда, где, по слухам, находится «Нулевая точка» — место, где ангелы впервые ступили на землю.
В «Нулевой точке» герои сталкиваются с шокирующей правдой: ангелы — это не божественные создания, а биологическое оружие, созданное древней цивилизацией, которая погибла миллионы лет назад. Их программа — очищать планеты от разумной жизни, когда та достигает определенного уровня технологического развития, чтобы предотвратить катастрофу, способную уничтожить всю галактику. Человечество, создав искусственный интеллект и квантовые компьютеры, само подписало себе приговор. Кай узнает, что его трансформация — не случайность. Он — носитель «ключа», фрагмента кода, способного перепрограммировать ангелов. Но цена активации этого кода — полное стирание личности Кая, превращение его в бездушный инструмент. Параллельно развивается линия ангела по имени Самаэль, который первым среди своих начал сомневаться в правильности миссии. Он тайно помогает людям, но его преследует архангел Михаил, фанатично преданный изначальной программе. В финале сезона Кай принимает решение: он не хочет становиться новым богом или спасителем. Вместо этого он взламывает систему изнутри, запуская обратный отсчет не для уничтожения, а для «сброса» — возвращения мира в состояние до прихода ангелов. Но это означает, что все, кто выжил, включая его друзей, исчезнут, а история человечества начнется заново, без памяти о произошедшем. Последняя сцена — пустая равнина, где когда-то был Токио, и одинокая фигура Кая, стоящего на пороге между двумя реальностями, готового сделать шаг в небытие, чтобы дать миру второй шанс, даже если в этом новом мире его уже никто не вспомнит.
