Нацумэ Такаши снова оказывается втянут в дела духов, но на этот всё начинается с неожиданного визита. К нему в дом заявляется не просто ёкай, а целый посланник из мира духов, который утверждает, что бабушка Рэйко оставила ему в наследство нечто большее, чем просто Тетрадь дружбы. Оказывается, в одном из отдаленных храмов хранится её личный дневник, где она описывала не только имена духов, но и свои самые горькие и светлые воспоминания. Нацумэ, ведомый желанием узнать настоящую Рэйко, а не ту легендарную «отшельницу», какой её все помнят, отправляется в путь. Однако дневник оказывается запечатан древней магией, которая начинает высасывать жизненную силу из любого, кто приближается к храму. Вместе с верным Кот-сенсеем и Сигэру с Токико, которые впервые решают сопровождать его в этом путешествии, Нацумэ сталкивается с духом-хранителем, который не просто охраняет тайну, а сам является частью трагической истории Рэйко. Этот дух, когда-то бывший человеком, был её единственным другом в детстве, но из-за проклятия их разлучили, и теперь он не помнит ни своего имени, ни лица, помня лишь боль предательства.
Параллельно с поисками дневника в жизнь Нацумэ врывается новый ученик в школе — парень, который видит духов, но в отличие от Такаши, ненавидит их всей душой. Он считает, что ёкаи — это лишь паразиты, которые мучают людей, и пытается изгнать их грубой силой, используя опасные амулеты. Нацумэ пытается объяснить ему, что не все духи злы, но сталкивается с глухой стеной агрессии. Ситуация накаляется, когда этот ученик случайно пробуждает древнего мстительного духа, который начинает охоту на всех, кто когда-либо обижал ёкаев. Нацумэ оказывается между двух огней: он должен защитить и людей, и духов, одновременно пытаясь разгадать тайну дневника бабушки. В финале выясняется, что дневник Рэйко — это не просто записи, а ключ к снятию проклятия с хранителя. Она специально оставила его для внука, зная, что он сможет понять её боль и простить. Нацумэ, используя Тетрадь дружбы, возвращает духу его настоящее имя, и тот, наконец, обретает покой, оставляя после себя не боль, а благодарность. Спецвыпуск заканчивается тем, что Нацумэ, сидя на веранде с Кот-сенсеем, понимает: его бабушка была не одинокой изгоем, а человеком, который просто не нашёл того, кто смог бы её понять при жизни. И теперь он, её внук, исправляет эту несправедливость, даря покой тем, кого она когда-то любила.
