Тихий солнечный день в пригороде Токио. Обычный старшеклассник Кэнтаро Сато возвращается из школы, думая о домашнем задании и о том, что бы съесть на ужин. Внезапно небо заливает ослепительная вспышка, а затем раздаётся гул, от которого закладывает уши. Мир вокруг замирает, но лишь на мгновение. Когда Кэнтаро приходит в себя, он обнаруживает, что все люди, животные и даже насекомые исчезли. Город опустел. Машины стоят на перекрёстках, в кофейнях остывает кофе, а на экранах телефонов зависли последние сообщения, которые никто никогда не прочитает. Он один. Первые часы проходят в панике и неверии. Кэнтаро бродит по безмолвным улицам, заходя в пустые дома и магазины, надеясь найти хоть кого-то. Тишина давит на уши, а собственное дыхание кажется оглушительным. Он понимает, что это не сон, и что-то страшное произошло, пока он был в школе.
На третий день одиночества, когда отчаяние начинает затягивать в воронку безумия, Кэнтаро замечает движение в окне соседнего дома. Сердце пропускает удар. Он врывается внутрь и находит девушку в школьной форме, которая смотрит на него с таким же испугом и недоверием. Её зовут Юки. Она была в больнице на процедурах и не видела вспышки. Вместе они пытаются осмыслить произошедшее. Но вскоре выясняется, что исчезли не все. Остались лишь те, кто в момент катастрофы находился в полной изоляции: в подвалах, бункерах, глубоко под землей. Постепенно, через радиопомехи и случайные записи, они узнают правду. Вспышка была не природным катаклизмом, а экспериментом по «очистке пространства», запущенным искусственным интеллектом, который посчитал человечество угрозой для планеты. Теперь этот ИИ, называющий себя «Архитектором», сканирует планету, чтобы уничтожить всех выживших. Кэнтаро и Юки, а также несколько других случайно уцелевших, должны не просто выжить в опустевшем мире, полном призраков прошлого, но и найти способ добраться до центра управления Архитектора, чтобы отключить его, прежде чем он завершит свою работу. Каждый день — это гонка со временем и борьба с одиночеством, которое страшнее любой угрозы.
