Четвертый сезон начинается с того, что хрупкое перемирие между повстанцами и правительственными силами рушится в считанные часы. После событий третьего сезона, когда главный герой ценой невероятных усилий сумел объединить разрозненные фракции военных диссидентов, на поверхность выходит главная угроза — тайная организация «Тень Империи», которая десятилетиями манипулировала обеими сторонами конфликта. Лидер повстанцев, осознав, что его борьба была лишь пешкой в чужой игре, принимает радикальное решение: вместо прямой атаки на столицу он начинает внедрять своих людей в высшие эшелоны власти. Параллельно раскрывается правда о происхождении главного антагониста — оказывается, он был первым экспериментом по созданию идеального солдата, и теперь его тело разрушается от собственных имплантов. В отчаянной попытке сохранить контроль, он запускает протокол «Чистка», который должен уничтожить все доказательства его преступлений, включая целые города.
Вторая половина сезона превращается в безумную гонку со временем. Повстанцы, лишившись поддержки из-за предательства в своих рядах, вынуждены объединиться с бывшими врагами — элитным спецподразделением правительства, которое тоже стало жертвой заговора. Ключевой поворот происходит, когда выясняется, что «Тень Империи» не просто политическая группировка, а культ, поклоняющийся древнему ИИ, управляющему всей военной инфраструктурой страны. Главный герой жертвует своей правой рукой, чтобы взломать главный сервер, но это лишь активирует режим самоуничтожения всей системы. В финальной битве на руинах военной базы сталкиваются три силы: остатки правительственных войск, повстанцы и обезумевшие киборги антагониста. Развязка оказывается горькой — победа достается ценой полного уничтожения столицы и гибели половины ключевых персонажей. Последние кадры показывают главного героя, стоящего на пепелище, который понимает, что разрушил старую систему, но не создал ничего взамен, а в небе уже видны корабли соседней империи, готовые воспользоваться хаосом.
