Асано Тайсё, обычный старшеклассник, чья жизнь — сплошная рутина, внезапно оказывается втянут в водоворот событий, о которых раньше мог только читать в манге. Всё начинается с того, что он случайно становится свидетелем того, как его тихая и скромная одноклассница, Момо Ёдзакура, выполняет секретное задание. Оказывается, она — наследница древнего клана синоби, и её семья веками занимается шпионажем и решением деликатных проблем. Но есть одна загвоздка: Момо — полный профан в боевых искусствах и тактике. Чтобы не опозорить род и выполнять контракты, ей нужен напарник, который будет прикрывать её спину. И этим напарником, по воле случая и под давлением её эксцентричных родственников, становится Тайсё. Теперь вместо спокойной учёбы его ждут безумные вылазки, где он должен не только спасать Момо от её же неуклюжести, но и разбираться с врагами, которые оказываются куда опаснее, чем кажутся на первый взгляд.
Однако «Семейка Ёдзакура» — это не просто история про боевые миссии. Это, в первую очередь, комедия абсурда, построенная на контрасте между суровым миром шпионов и абсолютно неадекватной семейной динамикой. У Момо есть старшая сестра, которая помешана на Тайсё и постоянно пытается его соблазнить, младший брат-гений, который управляет операциями с помощью дронов, и мать, которая воспринимает любую угрозу как повод для семейного ужина. Тайсё, будучи единственным здравомыслящим человеком в этом хаосе, вынужден постоянно балансировать между желанием помочь Момо и попытками сохранить рассудок. Постепенно он понимает, что за маской неуклюжей девушки скрывается невероятно добрая и целеустремлённая личность, ради которой он готов рисковать. Их дуэт превращается в нечто большее, чем просто рабочие отношения, а каждая новая операция — от кражи секретных данных до спасения мира от злого корпората — становится поводом для очередной порции искромётного юмора и неловких, но трогательных моментов.